Al margen de que las llagas en la boca se deban a una infección pasajera, también pueden ser síntoma de una deficiencia específica nutritiva de minerales como el hierro, o de vitaminas como la vitamina A. En este caso, el refuerzo de la dieta infantil con estos nutrientes ayudaría al niño a recuperarse antes del malestar. Si las llagas respondieran realmente a una deficiencia nutritiva, las llagas se curarían espontánea y rápidamente. Pero si el niño sigue teniendo llagas en la boca con frecuencia, el consejo es acudir al médico para asegurar el diagnóstico.
En ocasiones, las aftas bucales también pueden ser un síntoma externo de la gestación de enfermedades más graves como la enfermedad de Crohn, un trastorno crónico que cursa con la inflamación del intestino, o la celiaquía, que también afecta a las vellosidades intestinales. A menudo también se confunde una afta bucal con una infección por el virus herpes, relativamente frecuente en niños pequeños entre los 3 y 4 años de edad, aunque esta infección suele ser más dolorosa y suele ir acompañada de fiebres más altas.